南通综合保税区于2013年1月3日经国务院批准设立，封关面积4.61平方公里，实行“一区两片”的发展格局。其中，A区位于南通开发区中心区域，封关面积1.5平方公里，着力发展医药健康、新一代信息技术、智能制造等产业，打造研发设计中心和检测维修中心；B区位于苏通长江大桥东侧2公里处，紧邻通海港区集装箱码头，封关面积3.11平方公里，着力发展新能源高端装备和现代商贸物流产业，打造加工制造中心、物流分拨中心和销售服务中心。