南通综合保税区管理局设下列内设机构：

一、行政部。负责行政事务管理、机关党建、党风廉政、干部人事、考核督办、意识形态、宣传思想文化、政策研究、保密、对外联络、信访维稳、后勤保障、档案管理、国有资产管理、园区管理工作，完成领导交办的其他工作。

二、招商部。负责产业发展规划制定、招商政策研究、招商活动组织、项目洽谈推进、项目协调服务和转化达产工作，完成领导交办的其他工作。

三、经济发展部。负责经济数据监测预警及统计分析、企业运行服务、监管部门协调联系、安全生产监督管理、综保区绩效评估、综保区特色功能和业态拓展工作，完成领导交办的其他工作。