南通综合保税区管理局设下列内设机构：
（一）行政部。承担保税区行政事务管理、政策研究、信息平台运营维护、国有资产管理等职责。
（二）招商部。承担保税区产业发展规划制定、招商引资与推介等工作。
（三）经济发展部。承担保税区项目建设协调、企业运行服务、货物监管等职责。
