区市场监督管理局设8个内设机构：

（一）办公室：负责机关政务、事务工作的组织协调工作；负责局党组会和办公会决议的督查落实；负责局重要文稿起草、机关公文处理、新闻宣传、政务信息、政务公开、综合性调研、信访接待、机要保密、印章管理、后勤保障、会务安排、车辆管理工作；负责固定资产、增收节支等管理工作；负责全局业务数据网络建设、维护及安全运行；负责党建、思想政治和精神文明建设工作；负责办理机构编制和人事调配的有关事项；负责人员工资和本局财务工作。

（二）法规处（挂“外商投资企业登记注册处”牌子）：全面推进依法行政工作，落实行政执法责任制；负责市场监督管理相关政策动态的收集和综合研究工作；负责法律法规宣传、培训和普法工作；承担本局的行政复议、行政应诉等相关法律事务工作；负责行政执法监督检查和指导工作，承担本系统行政处罚的复核、听证、报备工作；负责市场监督行政执法人员资格初审及材料申报工作；配合做好申诉投诉举报处理、政策咨询和建议答复，配合办理信访处理工作；牵头负责局案审会的日常工作；负责外资企业、个体工商户登记工作。

（三）稽查处（挂“投诉举报维权中心”牌子）：负责组织推进全系统查处工商行政管理、质量技术监督、食品药品监管等方面违法案件；负责全系统执法办案流程管理；协调、办理大要案、跨区域案件查处；拟定有关反不正当竞争的具体措施、办法，组织和指导查处不正当竞争、商业贿赂等违法行为；负责商业秘密保护工作；负责公平竞争审查工作；承担和指导“12315”咨询、申诉、举报的受理、转办、处置、督办及信息的汇总、分析、管理、使用工作。负责消费者权益保护工作。

（四）综合监管处：牵头全区“双随机、一公开”监管工作；负责企业信用监管工作；负责网络交易监管工作；负责拟订广告业发展规划、政策措施并组织实施；组织监督管理广告活动，指导广告业健康发展，指导、参与查处虚假广告等违法行为；依法指导、监督查处取缔无照经营；组织、指导和督查市场主体年度报告、公示信息抽查及经营异常名录管理等工作；负责全区工业产业生产许可证获证企业监管工作；负责工业产品质量监管工作；负责工业产品、食品、食用农产品抽样工作；指导不合格产品、食品、食用农产品核查、处置、召回工作。

（五）食品安全监管与综合协调处：承担区食品安全委员会办公室日常工作；负责食品安全综合协调工作；建立健全协调联动机制和综合监管制度；牵头食品生产、流通、餐饮服务环节的安全监督管理；组织开展食品安全专项整治和联合检查行动；指导完善食品安全隐患排查治理机制，推动完善食品安全应急体系建设;组织拟订食品安全事故应急预案，负责食品安全重大事故调查处理和责任追究；牵头负责重大活动食品安全保障工作；负责实施相关部门和街道履行食品安全监管职责情况的指导、监督检查和考核评价。

（六）药品医疗器械监管处：负责全区药品零售（零售连锁总部除外）、医疗器械经营监督管理，负责医疗机构药品、医疗器械质量监督管理，监督实施药品和医疗器械经营质量管理规范；监督管理互联网药品信息服务和交易行为；组织开展药品不良反应、医疗器械不良事件和药品滥用监测。负责化妆品经营监督管理。职权范围内组织开展药品、医疗器械、化妆品质量抽检，开展质量问题处置和风险防控工作。

（七）质量处（挂“知识产权处”牌子）：负责全区质量发展、标准化、计量、认证认可、知识产权工作。组织实施推进质量强区建设，承担区质量发展委员会办公室日常工作，负责计量监督管理，指导企业标准化工作，承担认证市场和认证活动、检验检测市场和检验检测活动的监督管理，负责知识产权工作。

（八）特种设备安全监察处：负责对锅炉、压力容器、压力管道、电梯、起重机械、客运索道、大型游乐设施、场（厂）内专用机动车辆等特种设备的安全监察、监督工作；公布特种设备安全及能效状况；监督管理特种设备作业人员的资质资格；负责高能耗特种设备的节能监督检查工作；按规定报告特种设备事故，参与特种设备事故的调查处理；组织制定并实施特种设备安全事故应急救援预案；指导、参与查处特种设备违法案件。

根据街道设置和实际工作需要，区市场监督管理局下设4个分局。分别为：南通市经济技术开发区市场监督管理局新开分局、南通市经济技术开发区市场监督管理局小海分局、南通市经济技术开发区市场监督管理局竹行分局、南通市经济技术开发区市场监督管理局中兴分局。各分局负责辖区市场监督管理工作。