南通经济技术开发区生态环境局下设 5个内设机构：综合处 (ISO14000 办公室)、环境影响评价处、污染防治处、土壤生态环境处、生态环境执法局。

综合处（ISO14000办公室）。协助局领导组织协调局机关综合事务工作；拟定局机关年度工作计划、工作总结及规章制度并督促实施；负责机关文电处理、会议组织、档案管理、保密、保卫、安全、政务信息和后勤服务、接待及车辆使用管理等工作；负责全局性、综合性文件的起草及局发文的文稿核稿；负责局机关及所属单位的组织人事工作；负责绿色社区、学校的创建；负责农村、街道生态创建；负责牵头生态示范园区创建；负责全区环境保护宣传教育工作；负责局党建、精神文明和机关作风建设；负责局内网站的维护管理；做好局办公经费的计划管理；组织环境信息的收集和管理；负责环境信息公开化工作；负责全区环境管理体系认证和环境标志产品认证；负责区ISO14000办公室的日常工作；负责全局环境法制工作，承担行政处罚、行政应诉和行政复议答复等工作；负责司法联动协调管理；负责环境行为信用评价监督管理工作；负责生态环境损害赔偿相关工作；负责生态环境业务培训、普法宣传；推动社会组织和公众参与生态环境保护；组织开展生态文明建设和环境友好型社会建设的宣传教育工作；负责统筹协调涉及生态环境保护的督察、巡视（察）、审计等工作，承担交办问题线索移交移送及后续相关协调工作；协调对接攻坚办相关工作；协助生态环境执法局开展科技与监测相关工作；完成交办的其他任务。

环境影响评价处。负责全区建设项目环境管理工作；组织在全区范围内实施环境影响评价制度，负责规划环境影响评价、政策环境影响评价、项目环境影响评价工作；按规定要求承担建设项目环境影响评价审查或审批工作；负责排污许可、危废经营许可等行政许可受理及核发；审批或参与审批建设项目环境影响报告书（表）；协助上级环保主管部门对环境影响评价机构进行管理；编制环保科技发展计划；负责区域规划以及专项规划的环境影响评价工作；组织环保科研及环保实用技术推广；参与全区建设项目扩初设计审查；配合淘汰污染严重的落后工艺和设备；完成交办的其他任务。

污染防治处。负责辖区内水环境、大气、噪声、机动车辆等污染防治工作；组织实施污染源限期治理；负责协调指导建设项目环保设施竣工验收工作；指导和监督生态破坏的恢复整治；组织区内企业进行清洁生产和循环经济的推广；负责区内地表水生态环境监督管理，承担流域水环境保护职责；承担饮用水水源地生态环境保护工作；承担生态环境统计、污染源普查工作；承担污染物排放总量控制综合协调和管理工作；负责污染物减排工作；负责生态空间管控区域、生物多样性保护工作；组织实施重污染天气应对政策措施；配合化工园区整治相关工作；负责印染、化工等行业整治；配合生态环境执法局开展科技与监测相关工作；完成交办的其他任务。

土壤生态环境处。负责辖区内土壤污染防治工作；拟订并组织实施全区土壤污染防治规划和计划；负责监督防止地下水污染；监督指导农业面源污染治理工作；负责固体废物、危险废物、重金属等污染防治的监督管理，拟订并组织实施相关污染防治计划；负责重金属减排工作；负责全区固体废物管理并参与违法行为的查处；承担上级土壤污染防治工作协调小组办公室的交办的各项工作；参与化工园区整治工作；完成交办的其他任务。

生态环境执法局：贯彻执行中央、省、市有关生态环境保护行政执法的法律法规和方针政策；负责全区生态环境执法工作；负责拟定并组织实施全区生态环境执法计划；负责查处生态环境违法问题，配合解决有关跨区域生态环境污染纠纷；监督实施建设项目环境影响评价制度和“三同时”制度执行情况；负责核与辐射安全监管执法；负责拟订并组织实施突发生态环境事件和生态破坏事件的应急预案，做好相关调查处理工作；负责全区环境污染信访举报的受理、办理、转办、督办等工作；负责全区生态环境执法、应急、信访队伍建设和业务指导；负责全区入河排污口排查整治工作；牵头组织实施生态环境局安全生产工作；完成交办的其他任务。