南通市经济技术开发区综合执法设下列内设机构：

综合处、法规处、执法协调处（数字化城管指挥中心）、市容环境整治管理处、物业管理处、环境卫生管理处6个处室。下辖南通市经济技术开发区综合执法大队、南通市经济技术开发区环境卫生管理有限公司和南通经济技术开发区城市服务中心。